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L'histoire parle d'un jeune homme nommé Emiya qui dans son enfance, a survécut à une tragédie dans laquelle son quartier et tous ses habitants ont brûlé suite à une guerre entre 7 masters et leurs puissants gardiens appellés "servants". Adopté ensuite par un magicien qui est décédé depuis, Emiya, avec ses faibles pouvoirs est maintenant capable d'analyser la structure des objets grâce à la magie. Une nuit, où il est témoin d'un terrible affrontement, Emiya invoque le meilleur servant, Saber. Il apprend ensuite qu'il est l'un des 7 masters désignés à s'affronter dans une guerre pour obtenir le Saint Graal qui réalisera le souhait du vainqueur. Il apprend également que c'est le dénouement de la guerre précédente qui est à l'origine de la destruction de son quartier et décide de prendre part à l'affrontement avec son servant afin d'éviter que la tragédie ne se reproduise.